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CONTEXTE 

Le professeur invité Philip De Jager recherche un(e) ingénieur(e) pour travailler sur la plateforme d’histologie de l’Institut du Cerveau. 

Cette plateforme est ouverte à l’ensemble des équipes de l’Institut ainsi qu’aux équipes extérieures (académiques ou industrielles). Dotée d’une technologique de pointe, la plateforme est dédiée à l’analyse histologique de tissus biologiques rongeurs et humains, incluant la préparation histologique, différentes procédures de coupes, l’immunohistochimie, l’hybridation in situ, le RNAscope, la microdissection laser, des techniques d’imagerie et d’analyse d’images de pointe. (https://histomics.institutducerveau-icm.org/)

Au sein de la plateforme d’histologie, l’ingénieur(e) d’étude aura en charge des expériences de transcriptomique spatiale. Elle/il réalisera les coupes de tissus, dédiées à cette technologie innovante d’analyse d’expression de gènes. Elle/il effectuera les expériences de transcriptomique spatiale sur des automates de dernière génération, et assurera le suivi et l’interprétation des expériences, en lien étroit avec les plateformes de génomique et de bio-informatiques de l’Institut du Cerveau. Elle/il devra être capable d’interagir avec les équipes de recherche et discuter les résultats en Anglais et en Français.

MISSIONS PRINCIPALES:

·       Assurer la préparation et la coupe de tissus humains et animaux pour les expériences de transcriptomique spatiale.

·       Réaliser les expériences d’immunohistochimie et/ou de colorations histologiques, nécessaires à la sélection de régions d’intérêt pour la transcriptomique spatiale

·       Mettre en place des workflows avancés pour la transcriptomique spatiale, par exemple : segmentation d'images, quantification de la distribution de transcrits et/ou protéines 

·       Réaliser les premières analyses de standards des données de transcriptomique spatiale

·       Organiser et contrôler l’utilisation collective des appareillages et des postes de travail

·       Maintenir, répertorier et promouvoir les techniques de transcriptomique spatiale, sous la direction des responsables opérationnel et scientifique de la plateforme

·       Former les scientifiques à l'utilisation des techniques de transcriptomique spatiale et rédiger des procédures

·       Utiliser, maintenir, et développer le système de gestion des informations de laboratoire pour informer les analyses

·       Conseiller les utilisateurs sur les possibilités techniques, leurs limites, les méthodes d’analyse, leur interprétation, et en assurer le suivi

·       Rédiger des rapports d’expériences ou d’études, des notes techniques

·       Travailler en étroite collaboration avec les équipes scientifiques, la plateforme de génomique et d’analyse de données, pour mettre en œuvre des protocoles innovants permettant de localiser et de quantifier, de manière fines, l’expression de gènes ou de protéines.

·       Participer aux réunions de projet

·       Communiquer sur les avancées des techniques de transcriptomique spatial lors de conférences scientifiques (internes et externes) ou dans des journaux scientifiques

·        Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité et mettre en œuvre une démarche qualité et un suivi métrologique des équipements

·       Assurer la veille scientifique dans ce domaine émergeant


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CONTEXT
Visiting Professor Philip De Jager is seeking a research engineer to work on the histology platform at the Paris Brain Institute.

This platform is open to all Institute teams as well as external groups (academic or industrial). Equipped with cutting-edge technology, it is dedicated to the histological analysis of rodent and human biological tissues, including histological preparation, various cutting procedures, immunohistochemistry, in situ hybridization, RNAscope, laser microdissection, advanced imaging techniques, and image analysis (https://histomics.institutducerveau-icm.org/).

Within the histology platform, the research engineer will be responsible for conducting spatial transcriptomics experiments. They will prepare tissue sections for this innovative technology of gene expression analysis, perform experiments using state-of-the-art automated systems, and ensure the follow-up and interpretation of experiments in close collaboration with the genomics and bioinformatics platforms at the Paris Brain Institute. They must be able to interact with research teams and discuss results in both English and French.

 
MAIN MISSIONS

• Prepare and section human and animal tissues for spatial transcriptomics experiments
• Perform immunohistochemistry and/or histological staining required for the selection of regions of interest in spatial transcriptomics
• Set up advanced workflows for spatial transcriptomics (e.g., image segmentation, quantification of transcript and/or protein distribution)
• Carry out initial standard analyses of spatial transcriptomics data
• Organize and monitor the shared use of equipment and workstations
• Maintain, catalogue, and promote spatial transcriptomics techniques under the supervision of the operational and scientific heads of the platform
• Train scientists in the use of spatial transcriptomics techniques and draft procedures
• Use, maintain, and develop the laboratory information management system to support analyses
• Advise users on technical possibilities and limitations, analysis methods, interpretation, and provide follow-up
• Draft experimental or study reports, technical notes
• Collaborate closely with scientific teams, genomics and data analysis platforms to implement innovative protocols to finely localize and quantify gene or protein expression
• Participate in project meetings
• Present progress in spatial transcriptomics techniques at scientific conferences (internal and external) or in scientific journals
• Ensure compliance with health and safety rules, implement quality assurance procedures, and monitor equipment calibration
• Conduct scientific and technological watch in this emerging field

PROFIL

Diplôme requis:

• Licence à Master ou équivalent 

Savoir-faire:

• Expérience professionnelle acquise :  3 à 5 ans 
• Très bonnes connaissances et technique en histologie (coupes, coloration histologiques et immunohistochimie), et en particulier de l’histologie du système nerveux 
• Très bonnes compétences en biologie moléculaire (ISH, RNAscope, FISH…)

Savoir:

• Bonnes connaissances des techniques de génomique (extractions d’ARN, qPCR, RNAseq…)
• Notion en analyse de données souhaitée mais non requise (langage R et /ou Python)
• Très bonne capacité rédactionnelle et de communication scientifique (Anglais et Français)
• Maîtrise des outils informatiques 

Savoir-être:

• Autonomie et rigueur
• Excellente capacité d’organisation
• Excellente capacité de travail en équipe multidisciplinaire

L’Institut du cerveau s’engage pour lutter contre toute forme de discrimination. Nous garantissons un environnement de travail inclusif et respectueux de toutes les diversités.

Tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.


Postulez directement sur notre site carrière : envoyez votre CV et lettre de motivation ainsi que les noms et coordonnées de deux personnes référentes capables de commenter votre parcours et qui ont accepté d'être contactées, dans un même document pdf : https://offres.institutducerveau-icm.org/fr/jobs/1967-21

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PROFILE

Required degree:

• Bachelor’s or Master’s degree (or equivalent)

Skills:

• 3 to 5 years of professional experience
• Strong expertise in histology (sectioning, histological staining, immunohistochemistry), particularly in nervous system histology
• Strong expertise in molecular biology (ISH, RNAscope, FISH, etc.)

Knowledge:

• Good knowledge of genomics techniques (RNA extraction, qPCR, RNAseq, etc.)
• Basic knowledge of data analysis desirable but not required (R and/or Python)
• Strong writing and scientific communication skills (English and French)
• Proficiency in computer tools

Personal qualities:

• Autonomy and rigor
• Excellent organizational skills
• Strong ability to work in a multidisciplinary team

 
The Paris Brain Institute is committed to fighting all forms of discrimination. We guarantee an inclusive work environment that respects all diversities.

All our positions are open to people with disabilities.

Apply directly on our career site: please send your CV, a cover letter, and the names and contact details of two referees (who have agreed to be contacted) in a single PDF document: https://offres.institutducerveau-icm.org/fr/jobs/1967-21